Il logo del MuCri si basa sulla contrapposizione cromatica, che simbolizza la separazione tra bene e male - normalità e follia - delitto e legalità, concetti che fanno da sfondo al contenuto storico del museo e su cui, da sempre, si interrogano gli uomini e gli specialisti delle materie criminologiche. 

Il dualismo di questi concetti sottolineato dall'uso dei due colori, nero e giallo, dall'inespressività, a sinistra, del "lato oscuro" e dalla forza sintetica dei segni a destra, che rappresentano il "lato umano".

Il lettering che compone il nome del museo stato creato appositamente, per renderlo unico e facilmente identificabile anche nell'eventuale assenza del logo iconografico.

I segni geometrici che incorniciano il logo evidenziano la complessità e la varietà del concetto/luogo "museo criminologico".

Il logo è stato realizzato da Elisabetta Tranquilli